1. Articles publiés dans des revues internationales à facteurs d’impact

Chihota VN, Niehaus A, Streicher EM, Wang X, Sampson SL, Mason P, Källenius G, Mfinanga SG, Pillay M, Klopper M, Kasongo W, Behr MA, Gey van Pittius NC, van Helden PD, Couvin D, Rastogi N, Warren RM (2018) Geospatial distribution of Mycobacterium tuberculosis genotypes in Africa. PLoS ONE 13(8):e0200632. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200632

Couvin D, David A, Zozio T, Rastogi N. (2018) Macro-geographical specificities of the prevailing tuberculosis epidemic as seen through SITVIT2, an updated version of the Mycobacterium tuberculosis genotyping database. Infect Genet Evol. pii: S1567-1348(18)30969-9.   https://doi.org/10.1016/j.meegid.2018.12.030  

Delannay C, Goindin D, Kellaou K, Ramdini C, Gustave J, Vega-Rúa A (2018) Multiple insecticide resistance in Culex quinquefasciatus populations from Guadeloupe (French West Indies) and associated mechanisms. PLoS ONE 13(6): e0199615.  https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199615

L. B. Dickson, A. Ghozlane, S. Volant, C. Bouchier, L. Ma, A. Vega-Rúa, I. Dusfour, D. Jiolle, C. Paupy, M. N. Mayanja, A. Kohl, J. J. Lutwama, V. Duong, L. Lambrechts (2018) Diverse laboratory colonies of Aedes aegypti harbor the same adult midgut bacterial microbiome. Parasites Vectors 11:  207. https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-2780-1  PMID: 29587819

Goindin D, Cannet A, Delannay C, Ramdini C, Gustave C, Atyame C, Vega-Rúa A (2018) Screening of natural Wolbachia infection in Aedes aegypti , Aedes taeniorhynchus and Culex quinquefasciatus from Guadeloupe (French West Indies ).  Acta Trop. 185 : 314–317. https://doi.org/10.1016/j.actatropica.2018.06.011

Grimonprez A, Laurent MCZ, Molza A, Mansot J-L, Gros O (2018). Thioautotrophic ectosymbiosis in Pseudovorticella sp., a Peritrich ciliate species colonizing wood falls in marine mangrove. Europ J Protistol 62: 43-5-65.

Gros O, Bisqué L, Sadjan M, Azede C, Jean-Louis P, Guidi-Rontani C (2018). First description of a new uncultured purple sulfur bacterium colonizing marine mangrove sediment in the Caribbean: Halochromatium-like PSB from Guadeloupe. CRAS Biologies 341: 387-397. 

Krupovic M, Blomberg J, Coffin JM, Dasgupta I, Fan H, Geering AD, Gifford R, Harrach B, Hull R, Johnson W, Kreuze JF, Lindemann D, Llorens C, Lockhart B, Mayer J, Muller E, Olszewski N, Pappu HR, Pooggin M, Richert-Pöggeler KR, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Schoelz JE, Seal S, Stavolone L, Stoye JP, Teycheney P-Y, Tristem M, Koonin EV, Kuhn JH (2018) Ortervirales: new virus order unifying five families of reverse-transcribing viruses. (2018) J Virol 92:e00515-18. https://doi.org/10.1128/JVI .00515-18

Landais A, Hartz B, Alhendi R, Lannuzel A. Acute myelitis associated with dengue infection. Med Mal Infect. 2018 Nov 9. pii: S0399-077X(17)30824-7. doi: 10.1016/j.medmal.2018.10.003.

Monteserin J, Paul R, Gravina E, Reniero A, Hernandez T, Mazzeo E, Togneri A, Simboli N, López B, Couvin D, Rastogi N, Ritacco V. (2018) Genotypic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Buenos Aires, Argentina.  Infect Genet Evol.  62:1-7. doi: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2018.04.006 

Moumène A, Gonzalez-Rizzo S, Lefrançois T, Vachiéry N, Meyer DF (2018) Iron starvation Conditions Upregulate Ehrlichia ruminantium Type IV Secretion System, tr1 Transcription Factor and map1 Genes Family through the Master Regulatory Protein ErxR. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 7:535 https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00535

Perdigão J, Silva C, Diniz J, Pereira C, Machado D, Ramos J, Silva H, Abilleira F, Brum C, Reis AJ, Macedo M, Scaini JL, Silva AB, Esteves L, Macedo R, Maltez F, Clemente S, Coelho E, Viegas S, Rabna P, Rodrigues A, Taveira N, Jordao L, Kritski A, E Silva JL, Mokrousov I, Couvin D, Rastogi N, Couto I, Pain A, McNerney R, Clark TG, von Groll A, Dalla-Costa ER, Rossetti ML, da Silva PEA, Viveiros M, Portugal I. (2018) Clonal expansion across the seas as seen through CPLP-TB database: A joint effort in cataloguing Mycobacterium tuberculosis genetic diversity in Portuguese-speaking countries. Infect Genet Evol. 72: 44-58. doi: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2018.03.011, PMID: 29559379

Rodriguez V., Fernandez B., Vercoutere A., Chamayou L., Andersen A., Vigy O., Demettre E., Seveno M., Aprelon R., Giraud-Girard K., Stachurski F., Loire E., Vachiery N., Holzmuller F. (2018). Immunomodulatory Effects of Amblyomma variegatum Saliva on Bovine Cells: Characterization of Cellular Responses and Identification of Molecular Determinants. Front. Cell. Infect. Microbiol. 7:521 https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00521

Simon F, Barnay JL, Lannuzel A. The wide spectrum of neurological consequences of chikungunya disease. Rev Med Virol. 2018 Nov;28(6):e1999 IF 1.3

Sadikalay S, Reynaud Y, Guyomard-Rabenirina S, Falord M, Ducat C, Fabre L, Le Hello S, Talarmin A, Ferdinand S. (2018) High genetic diversity of extended-spectrum β-lactamases producing Escherichia coli in feces of horses.  Vet Microbiol. 219:117-122.

Vega-Rúa A, Pages N, Gustave J, Nuccio C, Delannay C, Hery L, Almeras L (2018) Improvement of mosquito identification by MALDI-TOF MS biotyping using a double protein signature checking. Parasit Vectors 11:574. https://doi.org/10.1186/s13071-018-3157-1.

Volland J-M, Bustamante P, Aldana-Aranda D, Gros O (2018)  The potential role of spherocrystals in the detoxification of essential trace metals following exposure to Cu and Zn in the fighting conch Strombus (Lobatus) pugilis. Biometals 31: 627-637.

Yen P-S, Amraoui F, Vega Rúa A, Failloux A-B (2018)  Aedes aegypti mosquitoes from Guadeloupe (French West Indies) are able to transmit yellow fever virus. PLoS ONE 13(9): e0204710. https://journals.plos.org/plosone/10.1371/journal.pone.0204710

2. Chapitres d'ouvrages

Guzmán M., Pérez-Vicente L., Carlier J., Abadie C., de Lapeyre de Bellaire L., Carreel F., Marín D.H., Romero R.A., Gauhl F., Pasberg-Gauhl C., Jones D.R. (2018) Black leaf streak. In: Handbook of diseases of banana, Abacá and Enset. Jones, David R. (ed.). Wallingford: CABI, 41-115. ISBN 978-1-78064-719-7 (632p)

3. Présentation dans des colloques nationaux et internationaux

3.1 Communications orales

Albina E. (2018). Welcome address by the President of ESVV, 11th International Congress for Veterinary Virology & 12th Annual Meeting of EPIZONE, August 27–30, 2018, University of Veterinary Medicine, Vienne, Autriche.

Albina E., Gondard M., Temmam S., Devillers E., Pinarello V., Perrot P., Aprelon R., Chrétien D.,Eloit M., Hammami P., Vayssier-Taussat M., Moutailler S. (2018). Tick-borne virus detection in Caribbean ticks using NGS and high-throughput microfluidic real-time PCR (DOMOTICK Project). ESVV, 11th International Congress for Veterinary Virology & 12th Annual Meeting of EPIZONE, August 27–30, 2018, University of Veterinary Medicine, Vienne, Autriche.

Bonnot F., Miranda I., Abadie C. (2018) SECLA : Modélisation spatiotemporelle de la cercosporiose noire des bananiers. Symposium « Modélisation et Statistiques en écologie et en Biosciences », Pointe-à-Pitre, Guadeloupe.

Bonnot F., Miranda I., Abadie C. (2018) SECLA : Un modèle spatio-temporel de simulation de la cercosporiose noire du bananier. Journées Jean Chevaugeon, 12ème Rencontres de Mycologie-Phytopathologie, Aussois, France.

Carlier J., Zapater MF, Bieysse D., Montero Y., Roussel V., Habas R., Ravel S., Rodriguez, Martinez T., Perez-Vicente L., Abadie C., Wright S. (2018) Histoire des populations et adaptation à l’hôte dans les Caraïbes chez le champignon Mycosphaerella fijiensis parasite du bananier. Journées Jean Chevaugeon, 12ème Rencontres de Mycologie-Phytopathologie, Aussois, France.

Defoe J., Sommeil J., Tille L., Trouspance Y., Abadie C. (2018). Evaluation des caractères morpho-biologiques du champignon responsable de la Cercosporiose Noire des bananiers après le passage de l’ouragan Maria. Congrès des Apprentis Chercheurs, 01/06/2018, Pointe-à-Pitre, Guadeloupe.

Hery L, Cannet A, Boullis A, Moutailler S, Delannay C, Perrin Y, Jourdain F, Chandre F, Failloux AB, Vega Rúa A (2018) Culex or not Culex? Incrimination of Zika vectors in Guadeloupe. Colloque de Démoustication. Fort de France, Martinique.

Reynaud Y, Marcelino I. (2018). Genomic and Metagenomic research projects at the Institut Pasteur de la Guadeloupe and bio-informatic capacity building. C3BI International Steering Committee Meeting, novembre 2018, Paris, France

Trouspance Y., Puech H., Merle T., Cely T., Diman C., Miath P., Lubin N., Chilin-Charles Y., Jacoby-Kaoly C., Abadie C. (2018) Exploitation des données d’épidémiosurveillance sur la Cercosporiose Noire sur plantain : outil privilégié pour raisonner la lutte à l’échelle du territoire guadeloupéen. Symposium « Modélisation et Statistiques en écologie et en Biosciences », Pointe-à-Pitre, Guadeloupe.

Vega-Rúa A (2018) Emerging Viruses and climate change. Croucher summer course of Virology. Hong Kong, Chine.

3.2 Posters

Boullis A, Wang FE, Delannay C, Goindin D, Guan S, Deng L, Lu X, Fouque F, Picimbon JF, Vega-Rúa A (2018)  A cartography of Aedes aegypti odors to circumvet insecticide resistance in Guadeloupe. Symposium du Réseau International des Instituts Pasteur. Paris, France.

Dumartinet T., Picard L., Ravel S., Bonnot F., Zapater MF, Bieysse D., Roussel V., Habas R., Lubin N., Chilin-Charles Y., Trouspance Y., Aguayo J., Abadie C., Carlier J. (2018). Epidemiosurveillance in the French West Indies of genotypes involved in the adaptation to varietal resistances in the fungus Pseudocercospora fijiensis causing the black leaf streak disease of banana. Journées Jean Chevaugeon, 12ème Rencontres de Mycologie-Phytopathologie, Aussois, France.

Gutiérrez-Bugallo G, Piedra LA, Rodriguez M, Bisset J, Lourenço de Oliveira R, Vasilakis N, Weaver S, Vega-Rúa A (2018) Remaining gaps regarding the knowledge of Zika virus animal hosts. Symposium International sur le Zika. Marseille, France.

S. Guyomard-Rabenirina, Y. Reynaud, A. Fronne, L. Fabre, S. Sadikalay, C. Ducat, F. Fouque, E. Albina, P. Legreneur, A. Talarmin (2018) Antimicrobial resistance and genetic diversity of E. coli isolated from wild terrestrial fauna in Guadeloupe, S. Le Hello. Challenges and new concepts in antibiotics research symposium, Institut Pasteur, Paris.

Gonzalez-Rizzo S, Guidi-Rontani C, Bolte-Kluge S, Jean M, Gros O (2018) Candidatus Thiomargarita magnifica, world's largest bacterium from a tropical shallow-water marine mangrove environment. 17th International Symposium on Microbial Ecology. Leipzig, Allemagne.

Osvatic J, Elisabeth N, Gros O, Petersen J (2018) Unexpected genome reduction in a shallow-water sulfur-oxidizing symbiont of lucinid clams. 5th International Symposium on Microbial Sulfur Metabolism. Vienne, Autriche.

Pazzé S, Guyomard-Rabenirina S, Gruel G, Ferdinand S, Bastian S, Brisse S, Malpote E, Passet V, Talarmin A, Reynaud Y, Breurec S. (2018) Klebsiella pneumoniae from humans, animals and the environment in Guadeloupe: First insights into genomic. Combating Resistance: microbes and vectors 2018, Institut Pasteur International Network Symposium, Paris, France.

Pot M, Reynaud Y, Ferdinand S, Breurec S, Legreneur P, Talarmin A, Guérin F, Guyomard-Rabenirina S. (2018) Environmental reservoirs of Enterobacter cloacae complex cluster VIII in Guadeloupe, French West Indies.  : “Combating resistance: microbes and vectors”. Paris, France.

Sadikalay S, Ferdinand S, Falord M, Cavé L, Ducat C, Mauriello G, Berchel M, Boismoreau D, Guyomard S, Nazaret S, Talarmin A (2018) Influence of soil fertilization with composted organic amendments on resistance dissemination in crop production. Institut Pasteur International Network Symposium : “Combating resistance: microbes and vectors”. Paris, France.

4. Rapports de stage, mémoires

C. Abadie (2018). Rapport de stage : Génotypage d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques et contribution à la mise au point d’une méthode rapide de détection de gènes de résistance par PCR en temps réel. 27 p.

A. Boisnoir (2018). Mémoire de thèse.  Diversité, répartition et abondance des dinoflagéllés benthiques toxiques en Martinique et en Guadeloupe et rôle de la méiofaune dans le transfert de leurs toxines dans les réseaux trophiques. Université des Antilles, soutenance du 12 février 2018, 174p

Baizet M. (2018). Etude de la structure génétique et de l’histoire évolutive de la lignée L3 de Mycobacterium tuberculosis, à l’échelle mondiale par l’utilisation de données de Whole Genome Sequencing (WGS).

C. Biabiany (2018). Rapport de stage : Analyse statistique de données issues de (i) l’enquête sur l'usage de médicaments contenant des antibiotiques dans les élevages porcins, bovins et aviaires en Guadeloupe et de (ii) l’étude de l’impact d’apport d'amendements organiques sur la diffusion et la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques et de gènes de résistance. 29 p.

Conjard S. (2018). Caractérisation des insectes marins de mangrove de la famille des Halobates. Mémoire du Master2 Biodiversité, Ecologie, Evolution de l’Université de Grenoble.

C. De Graaf (2018). Amélioration et mise en place des méthodes d’identification pour les populations culicidiennes de Guadeloupe. Rapport de Stage de Master 2 Gestion, Environnement et Biodiversité Recherche.

E. Dick (2018). Caractérisation génétique de deux pathogènes isolés en Guadeloupe, la bactérie Ehrilichia ruminantium et le virus de la maladie de Newcastle. 56 p.

S. Ferdinand (2018). Mémoire d’habilitation à diriger des recherches (HDR) : Gènes et variants : de l’influence sur les pathologies humaines à leur diffusion dans l’environnement. Université des Antilles, 92 p.

M. Gatti (2018). Rapport de stage. Analyse spatiale intégrée des risques d’introduction et de dissémination de l’influenza aviaire A dans l’avifaune sauvage et domestique au sein des départements français d’Amérique : Guadeloupe, Guyane française et Martinique. 85 p.

A. Grimonprez (2018). Mémoire de thèse.  Les protistes des mangroves de bord de mer. Caractérisation cellulaire et moléculaire». Université des Antilles, soutenance du 10 décembre, 183p

M. Imbert (2018). Rapport de stage. Etude de la variabilité inter-annuelle de la composition et de la dynamique des populations de moustiques sur un site de circulation de flavivirus en Guadeloupe et analyse de l’interprétation de la distribution des séroconversions équinés sur un site sentinelle vis-à-vis du virus West-Nile entre 2009 et 2017. 33 p.

D. Léandre (2018). Rapport de stage : Etude de la transférabilité de gènes de résistance plasmidiques portés par des souches d’Escherichia coli BLSE isolées de l'environnement. 26 p.

M. Le Bihan (2018). Rapport de stage. Prévalence de la bactérie Wolbachia dans les vecteurs hématophages en Guadeloupe. 31 p.

V. Moco (2018). Rapport de stage. Mise au point d’une PCR pour le séquençage du gène cytochrome oxydase I (COI) pour répertorier la diversité de moustique de la Guadeloupe, 24 p.

C. Noroy (2018). Mémoire de thèse. Analyse de la plasticité génomique des bactéries de la famille des Anaplasmataceae en lien avec les effecteurs du système de sécrétion de Type IV. Université des Antilles. Soutenance du 14 mai 2018. 163 p. +annexes

V. Pinarello (2018). Mémoire de fin d’études. Caractérisation de 2 protéines membranaires d’Ehlrichia ruminantium, ERGA_CDS_01230 ET 05140 et leur rôle dans l’adhésion à la cellule hôte. Ecole Pratique des Hautes Etudes, « Sciences de la Vie et de la Terre ».  91 p.

Puech H., (2018). Rapport de stage de césure. Etudes des facteurs environnementaux et des pratiques culturales sur la sévérité de la cercosporiose noire des bananiers plantains. 38 p.

A. Rosmade (2018). Rapport de stage : Etude du profil de résistance de souches de Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli isolées des élevages porcins et bovins en Guadeloupe. 10 p.

C. Roumégoux (2018). Developing a Loop-mediated isothermal amplification tool for the detection of Yam-infecting strains of Colletotrichum spp."Cork Institute of Technology

S. Sadikalay (2018). Mémoire de thèse : Impact de l’utilisation d’amendements organiques sur la diffusion de l’antibiorésistance de l’animal à l’homme et à l’environnement. Université des Antilles, 203 p.

A. Sellin (2018). Rapport de stage : Etude du profil de résistance de souches de Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli BLSE isolées des élevages porcins et bovins en Guadeloupe. 20 p.

G. Teton (2018). Mémoire de fin d’études.   Des mélanges variétaux pour contrôler la cercosporiose noire (Pseudocercospora fijiensis): Effet sur la sévérité de la maladie et la dynamique des inocula aériens en conditions naturelles d’infestation en Guadeloupe.  Master Agronomie Agro-Alimentaire Option : AgroDesign. 69 p.

M. Valmorin (2018). Rapport de stage : Modélisation de l'invasion de la cercosporiose noire des bananiers en Guadeloupe. Ecole Internationale de Sciences du Traitement de l'Information, 29 p.