Missions
| 24-29 Novembre 2019, Japon | Yolande CHILAIN-CHARLES s'est rendue à Tokyo et a participé à “ l'international worshop on faciliting international research collaboration on transboundary plant pests" 
Suite à la 8ème rencontre G20 des responsables de la recherche en agriculture (MACS-G20) en avril 2019 au Japon, les membres du G20 ont accepté de promouvoir l’échange d’informations et d’expériences sur l’occurrence et la gestion des principaux phythopathogènes transfrontaliers émergents dans le but d’encourager les laboratoires de diagnostics, les instituts de recherche et universités à constituer des réseaux. Ainsi, pour faciliter ces échanges, le MAFF (Ministère de l’Agriculture, de la Forêt et de la Pêche du Japon) a sollicité les membres des MACS-G20 pour constituer et participer à des groupes de discussions sur : - Fall armyworm - Fruit flies - Wheat blast - Xylella festidiosa - Tomato brown rugose fruit virus - Citrus Greening - Fusarium wilt tropical race 4 - Red palm weevil - Cross-cutting issues Cet atelier est la restitution des travaux d’échanges des 9 groupes d’experts scientifiques. L’objectif était, d’une part, de présenter les actions et les recherches réalisées ou en cours, sur la prévention, la gestion et le contrôle des phytopathogènes transfrontaliers émergents, et d’autre part, sur les challenges de collaborations scientifiques pour les prochaines années. Pour ma part, j’ai animé le groupe sur la Fusariose tropicale race 4 que j’ai restitué lors du workshop. Nos réflexions ont fait l’objet d’un document de synthèse que nous avons remis à la commission d’organisation. Les travaux des différents groupes ont permis d’élaborer le premier document d’orientation pour la construction ou le renforcement de réseaux d’épidémio-surveillance sur les maladies végétales émergentes (https://www.affrc.maff.go.jp/docs/e/index.htm). Lors des échanges, les experts scientifiques ont particulièrement insisté sur : - Le développement de modèles pour réduire le cout de la prévention et de la surveillance des épidémies - La nécessité de partager des bases de données fiables et exhaustives sur les phytopathogènes transfrontaliers majeurs Il a été également signalé qu’en santé végétale il n’y a pas, à ce jour, de dynamique international global en matière de stratégie de prévention (comme cela existe en santé animale) et ceci est l’un des objectif phare du G20 pour 2020 : Année Internationale pour la Santé des Plantes. Pour le CIRAD, cette démarche « One Health » est déjà engagée dans le cadre de projets aux cotés des collègues épidémiologistes de différents instituts de recherche nationaux et internationaux. Par ailleurs, ce fut pour moi, une opportunité d’informer cette communauté internationale de chercheurs en épidémiosurveillance et vigilance, des activités de recherche qui sont menées au le CIRAD au sein de ses unités de recherche sur la Fusariose Race 4 Tropicale (management des cultures à différentes échelles, développement d’outils moléculaires pour le diagnostic, recherche variétale), mais également de son engagement dans les réseaux de surveillance nationaux et régionaux (Caraïbes-Amérique Latine-Océan Indien). |
| 15-19 octobre 2018, Costa-Rica | C.Abadie s’est rendue au Costa Rica du 15 au 19 octobre pour y participer, à titre d’expert invité, à un atelier sur la vigilance de la rouille du caféier, maladie en recrudescence en Amérique centrale. Cet atelier s’est tenu au CATIE, centre de recherche en agronomie, et a été financé par le projet européen Procagica coordonné par le CIRAD et l’IICA. 
Il rassemblé 30 participants en provenance de 7 pays de la région, qui ont partagé les actions menées dans leurs pays et les outils de suivi de la maladie qui y sont utilisés. Des travaux en groupe ont permis de concevoir et partager un même outil de prédiction de la maladie. C. Abadie a présenté dans une conférence les actions menées en Guadeloupe sur la vigilance vis-à-vis des maladies cryptogamiques du bananier. Elle a également partagé avec des collègues du CIRAD son expérience sur les méthodes d’études des dynamiques des inoculums et de l’effet du microclimat. |
| 15 octobre 2018, Martinique | E. Albina, J. Pradel et P.-Y. Teycheney du Cirad se sont rendus en Martinique le 15 octobre afin d’y rencontrer la direction générale de l’ANSES et de lui présenter les activités conduites en Guadeloupe par le CIRAD sur le contrôle des maladies infectieuses animales et végétales, principalement dans le cadre du projet Malin. |
| 8 octobre-7 décembre 2018, Liège (Belgique) | Dans le cadre de son post-doctorat, Antoine Boullis s’est rendu en mission dans le laboratoire d’entomologie de la faculté Gembloux Agro-Bio Tech (Belgique), pour y réaliser des tests en électroantennographie sur le moustique Aedes aegypti. Cette technique permet de mesurer la capacité d’un insecte à percevoir, de manière neuronale, des stimuli chimiques. Ce séjour lui a permis de cribler plusieurs molécules préalablement identifiées en chromatographie, afin de cibler celles qui sont bien perçues par Ae. aegypti. Les molécules sélectionnées seront utilisées pour la suite de tests comportementaux en olfactomètre à l’Institut Pasteur de Guadeloupe, afin de définir celles ayant une influence significative sur le comportement de ce moustique (attraction ou répulsion). La finalité de ce travail est de sélectionner des odeurs pouvant être utilisées comme outil dans la lutte anti-vectorielle contre cette espèce de moustique. |
| 12-13 novembre 2018, Paris (France) |
Les 12 et 13 novembre 2018 s’est tenu à l’institut Pasteur de Paris le C3BI International Steering Committee Meeting (Center of Bioinformatics, Biostatistics and Integrative Biology). Réunissant 2 représentants en bio-informatique de chaque Institut du réseau international des Instituts Pasteur, l’objectif de ce comité de pilotage est de développer la bio-informatique au sein de l’ensemble des instituts aux travers d’actions concrètes ciblant l’éducation/formation, la communication, la recherche, et le développement d’outils. L’institut Pasteur de la Guadeloupe s’est ainsi engagé dans chacune des task force. |
| 17 novembre-18 décembre 2018 (Tunisie) | Isabel Marcelino s’est rendue en Tunisie dans le cadre d'une Bourse Intra-Réseau du Programme Calmette & Yersin (financée par la Direction internationale de l’Institut Pasteur). 
Dans le Laboratoire de Transmission, Contrôle et Immunobiologie des Infections, elle a réalisé en collaboration avec Fatma Guerfali et Amel Ghouila des analyses bio-informatiques sur les génomes obtenus par séquençage Illumina des amibes Naegleria fowleri et Naegleria lovaniensis. Les analyses ont porté principalement sur l’amélioration des étapes d'assemblage des reads et l'annotation des gènes. L’exploitation des résultats générés au cours de cette mission permettra d’établir un pipeline pour réaliser des analyses de génomique comparative entre les différentes espèces de Naegleria sp, mais aussi entre les souches de N.fowleri, et ainsi d’identifier des gènes potentiellement associés à la virulence de N.fowleri. |
| 22-30 mai 2018, Laval (Québec) | Lyza Héry (IPG), en 2ème année de doctorat, s’est rendu au Canada dans le cadre du projet AEGYPTERIA. Dans le laboratoire d’écologie microbienne du Pr Claude Guertin, elle a réalisé des analyses métagénomiques à partir des données obtenues par séquençage Illumina Miseq afin de caractériser le microbiome de l’eau des gîtes larvaires et des larves d’Aedes aegypti de Guadeloupe. L’exploitation des données découlant de cette mission permettra de comprendre les pressions exercées par les facteurs biotiques et abiotiques des gîtes larvaires sur la composition des communautés microbiennes du moustique vecteur d’arbovirus Ae. aegypti. |
| 26-30 mars 2018 - Martinique | Manon Gatti (Cirad) s’est rendue en Martinique afin de valider et d’actualiser les données sur la filière élevage et sur la 
filière coq de combat mais aussi de présenter la méthode d’évaluation du risque d’influenza aviaire et de discuter des applications possibles et de l’utilisation de la carte des risques au sein de la filière. Elle a rencontré l’ancien et le nouveau Président de l’Association Folklorique de Martinique, MM. Priam et Viersac ainsi que Ph. Pelonde (Directeur Groupement Défense Sanitaire de Martinique), Fabienne Barthélémy, Christian Palin, Elise Pichon, William Cadot (DAAF Martinique). |
| 26-30 mars 2018 - La Rochelle, France |
S. Guyader a participé à une Ecole Chercheurs organisée par le réseau Mexico (Méthodes pour l'exploration informatique des modèles complexes) du 26 au 30 mars 2018 à La Rochelle. Cette édition était focalisée sur les méthodes d'analyse de sensibilité globale, la métamodélisation, la calibration et l'optimisation de modèles complexes et coûteux en temps de calcul. Les méthodologies présentées seront utilisées dans le cadre de la modélisation des épidémies d'anthracnose de l'igname. |
| 22-28 mars 2018 - Orsay, France |
Dans le cadre des travaux de l’IPG Guadeloupe sur la caractérisation des déterminants de la résistance des bactéries aux antibiotiques, S. Ferdinand a testé une nouvelle méthode d’isolement des vésicules membranaires bactériennes en cours de développement par la société System Biosciences.Ces tests visaient à comparer cette nouvelle méthode d’isolement basée sur la chromatographie échangeuse d’ions avec la méthode classique de purification par ultracentrifugation et gradient de césium. Les expérimentations ont été réalisées en collaboration avec l’unité de Patrick Forterre et l’unité d’Yvo Boneca. Les rendements d’isolements sont plus faibles qu’avec la méthode classique mais la nouvelle méthode est plus rapide et surtout elle présente l’avantage, pour l’IPG, de s’affranchir des étapes d’ultracentrifugation pour lesquelles il n’est pas équipé. |
| 25-26 janvier 2018 - Montpellier, France | Y. Chilin-Charles et C. Abadie se sont rendues à Montpellier afin de participer à la réunion intermédiaire du projet E-SPACE grâce à un financement de ce projet. E-SPACE associe le Cirad, l’Inra, l’IRD, l’Anses et Supagro Montpellier, et il est financé par la Fondation Agropolis (https://www6.inra.fr/e-space/). Il vise à améliorer l’épidémio-surveillance des maladies des plantes tropicales et méditerranéennes. Cette réunion a été suivie par un atelier sur l’analyse de données des réseaux d’épidémio-surveillance : utilisation d’approches statistiques pour valoriser les données d'épidémio-surveillance. Cet atelier était animé par François Brun (Acta) et Catherine Abadie (Cirad). |
| 5-6 décembre 2017 - CARPHA (Port of Spain, Trinidad & Tobago) | Anubis Vega Rua (IPG) 
Dans le cadre du lancement d’un manuel édité par le CARPHA (Caribbean Public Health Agency) sur la gestion intégrée des vecteurs dans la Caraïbe, le réseau CARIVECNET (Caribbean Vector Control Network) a été sollicité. Anubis Vega Rua a représenté la Guadeloupe pendant cette réunion qui visait à évaluer le manuel et à discuter sur son contenu. Ce manuel est notamment destiné à toute personne travaillant sur le contrôle des vecteurs dans la région et constitue un premier effort pour la standardisation des protocoles dans la Caraïbe. |
| 27-30 novembre 2017 - St Domingue (République Dominicaine) |
C. Abadie a participé en tant que référent scientifique et membre invité à la première réunion du groupe de travail sur les maladies des bananiers et plantains du réseau régional de surveillance des maladies et ravageurs des plantes (Caribbean Plant Health Directors Forum, CPHD), qui s'est tenue à Saint Domaingue. Ce groupe de travail, créé en 2016, est constitué de représentants des ministères de l'agriculture des pays producteurs de bananes de la Caraïbe et d’experts de la santé des plantes. Cette première réunion a rassemblé 15 participants. Elle a permis d’échanger des informations techniques et d’élaborer un plan d'action pour 3 ans. Les actions et discussions se sont focalisées sur le risque d'introduction de la fusariose TR4 dans les Caraïbes. La République Dominicaine a présenté l'exercice d'alerte organisé la semaine précédente en grandeur réelle avec l'appui et le financement de l'OIRSA (Organismo Internacional Regional de Sanidad Agropecuaria), destiné à tester sa capacité de réponse à l’introduction de cette maladie. Le CIRAD est impliqué dans le développement d'outils de diagnostic de la TR4 et, avec les services de l'Etat, dans la mise en place de réseaux de vigilance dans les Antilles Françaises. Organisée par le Service de Coopération et d’Action Culturelle (SCAC) de l'Ambassade de France en République Dominicaine, cette mission a «également permis à C. Abadie de s'entretenir avec R. Sanchez Cardenas, vice ministre de l'éducation supérieure, des sciences et des technologies en charge des relations internationales, à propos des formations doctorales et d’actions de coopération avec la Guadeloupe. |
| 4 octobre-1er novembre 2017 - Guyane Française | Mission de Lisa Héry (IPG) en Guyane du 4 octobre au 1er novembre 
Afin de mener à bien son projet de thèse, qui a pour objectif d’étudier les « Effets des paramètres biotiques et abiotiques des gîtes larvaires sur le microbiome, la compétence vectorielle et la survie du moustique Aedes aegypti en Guadeloupe et en Guyane Française » Lyza Hery, en 1ère année de doctorat sous la co-direction du Dr Anubis Vega Rua, été accueillie dans l’équipe de l’Institut Pasteur de la Guyane Française dirigé par le Dr Isabelle Dusfour, dans le but de prospecter une centaine de gites larvaires d’Aedes aegypti. Elle a réalisé des collectes d’eaux et de larves, de Kourou à Cayenne en passant par Cacao; qui permettront dans un premier temps d’identifier les paramètres physicochimiques et les compositions microbiennes contrastantes de leurs habitats puis de faire le lien avec le microbiome des populations de moustiques Aedes aegypti. |
| 24 septembre - 7 octobre 2017 - CIRAD (Guadeloupe) | Dr François Bonnot (CIRAD Montpellier) 
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| 16 septembre - 7 octobre 2017 CIRAD Guadeloupe | Dr Ileana Miranda (CENSA Cuba) 
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| 18-24 juin 2017 CIRAD BGPI (Montpellier) | Yohan Trouspance (CIRAD Guadeloupe) 
C. Abadie, Y. Trouspance et F. Bonnot |
| 19-28 oct. 2016 CIRAD Neufchâteau | Dr François Bonnot (CIRAD Montpellier) France 
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| 6 oct.-14 nov. 2016 CIRAD Neufchâteau | Dr Ilerana Miranda (CENSA) Cuba
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